תהליך מלא של האקתון ארגוני נמשך כעשרה שבועות, ויום האירוע עצמו הוא בדרך כלל יום אחד. כך נראה הרצף מהשאלה העסקית ועד תוכניות העבודה, ומה גורם לו להתארך.

הצלחה של האקתון ארגוני נמדדת מול שאלה עסקית שהוגדרה לפני האירוע, ומול התחושה של העובדים שהזמן שלהם כובד. המדריך של BLEE Hackathons למדדים בשלוש נקודות זמן.

האקתון פנימי הוא האקתון של עובדי הארגון. מה ארגון קונה כשהוא מביא חברה חיצונית, מתי נכון להריץ לבד, ואילו שני שלבים אין להם בעלים טבעי בארגון.